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En 1116, Geoffroy de Lèves fut élu évêque de Chartres. Ayant fait quelque temps auparavant le vœu d’accomplir un pèlerinage à Jérusalem, vœu que ses nouvelles responsabilités ne lui permettaient plus de respecter, il s’en remit au pape Pascal II qui l’invita à accepter son élection comme évêque et à remplacer le pèlerinage prévu par une fondation pieuse.

C’est ainsi qu’en 1117, l’évêque Geoffroy de Lèves et son frère Gauslin, seigneur de Lèves, fondèrent l’abbaye Notre-Dame de Josaphat, sur leurs terres ancestrales, en bordure de l’Eure, au nord de ce qui est devenue l’agglomération chartraine. La similitude de la topographie du terrain de Lèves avec la vallée de Josaphat, près de Jérusalem, fit que Geoffroy et son frère décidèrent d’appeler l’abbaye d’après le nom de ce lieu symbolique proche du Mont des Oliviers. Calixte II et Louis VI confirmèrent la propriété de cette abbaye en 1119. C’est en 1168 que l’église abbatiale fut consacrée. Au cours du XIIe siècle, l’église abbatiale fut la nécropole des évêques de Chartres.

Le site, traversé par la Via Turonensis (un des chemins de Compostelle), abritait aussi une source réputée pour ses vertus thérapeutiques.

L’abbaye fut témoin des événements qui ont jalonné l’histoire de France et au cours desquels elle subit des destructions majeures : l’édifice religieux fut incendié par les Anglais en 1432 et 1466, pillé par les Calvinistes en 1564, et saccagé par les protestants en 1568 et en 1591, pendant les sièges de la ville de Chartres.

Elle fut partiellement restaurée au XVIIe siècle par la Congrégation de Saint-Maur, dans laquelle elle entra en 1640.

À la Révolution, l’abbaye fut déclarée bien national en 1790, confisquée et mise en vente. L’église fut démolie en 1791.

Les bâtiments du monastère, conservés, furent utilisés à partir de 1816 pour abriter un orphelinat.

L’Hospice Marie-Thérèse, créé en 1818 dans les bâtiments de l’ancienne abbaye, par Marie-Thérèse de France, fille de France, dite Madame Royale, fille de Louis XVI et Marie-Antoinette et épouse de Louis-Antoine d’Artois, duc d’Angoulême et futur dauphin de France, avait vocation à accueillir les enfants trouvés, abandonnés, ainsi que les malades atteints de maladies alors incurables.

En 1828, la famille d’Aligre, famille de la noblesse française, originaire de Chartres, devenue propriétaire des lieux, y fonda l’asile d’Aligre, qui avait vocation à accueillir les nécessiteux.

Les fouilles de 1905, menées par l’abbé Charles Métais, révélèrent des tombes des XIIe et XIIIe siècles, dont celles de Jean de Salisbury (évêque de Chartres, † 1180) et de Lucia de Lèves, ainsi que des pierres tombales et des gisants, aujourd’hui conservés au dépôt lapidaire de l’ancienne abbaye Notre-Dame de Josaphat. Ces vestiges, classés Monuments Historiques en 1914-1915, témoignent de l’importance funéraire et religieuse du site.

Les vestiges de l’ancienne l’abbaye, redécouverts lors des fouilles au 19e siècle, comportent trois parties distinctes, dont plusieurs éléments sont classés ou inscrits aux Monuments Historiques : le cloître de l’ancienne abbaye bénédictine de Coulombs transporté à Lèves après la Révolution, les vestiges de l’église abbatiale comportant notamment le tombeau de Jean de Salisbury, et le dépôt lapidaire avec des pierres tombales et des gisants.